Adının ne zamandan beri kullanıldığı bilinemeyen Konya’nın eski mahallelerindendir. Affan Sultan Zaviyesi Cedidiye Mahallesi (2009 yılında Abdülaziz Mahallesi’ne dâhil edildi) sınırları içerisinde olduğuna göre mahalle de bu bölgede olmalıdır. Adını, Konya’da pek çok mahallede olduğu gibi, mahallede metfun olduğu tahmin edilen Affan Sultan adında bir zattan almıştır. Bu isim, muhtelif şeriye sicillerinde, Affan, İbn-i Affan, Affan Sultan ve Şeyh Affan Sultan şeklinde geçmektedir. Aynı isim Konya veliler listesinde de zikredilmektedir. Affan Sultan’ın bu son unvanından onun bir tarikat şeyhi, bir tasavvuf büyüğü, olduğu anlaşılmakla beraber, gerçek kimliği ve hangi dönemde yaşadığı bilinmemektedir.
Yavuz döneminde, 924/1518 yılında kayda geçen Konya mahalleleri arasında İbn-i Affan Mahallesi olarak adı geçmektedir. Kanuni dönemi İl Yazıcı Defterlerine göre de mahalle beş hane ve altı neferden ibarettir. 992/1584 Yılı Tahrir Defterlerinde mükellef erkek sayısı, kırk yedi kişidir. 1847-48 yılı temettüat kayıtlarında ise mahalle üç grupta sekiz mükellef olarak vergilendirilmiştir. Bu kayıt, zaman içerisinde mahallenin küçüldüğünü göstermektedir.
