Selçuklu ilçesi sınırları içerisinde yer alan tarihî mahallelerden Ferhuniye Mahallesi’nin doğusunda eskiden Ali Gav (daha sonra Tarla), batısında Sakahane, kuzeyinde kısmen Tarla ve Yenişehir mahalleleri, güneyinde ise günümüzdeki Alâeddin Bulvarı, eski kayıtlara göre de İnce Minare Sokağı bulunmaktadır.
Mahalle ismini mahallede mevcut Keykavus kızı Fatma Ferhunde Zaviye ve Türbesi’nden almaktadır. Zaman içerisinde muhtemelen Ferhunde, Ferhuniye ismine dönüşmüş ve asırlar boyu mahalle bu isimle anılmıştır.
Yavuz Sultan Selim ve Kanuni dönemleri tahririnde adı yer almayan Ferhuniye Mahallesi’nin III. Murat dönemi 992/1584 yılı tahririnde mükellef sayısı 21 olarak kaydedilmiştir.
Bundan önceki dönemlerde mahallenin doğusunda yer alan Ali Gav Mahallesi’nin adına Kanuni döneminden, batısında yer alan Sakahane ve Binari mahallelerinin adına Yavuz Sultan Selim döneminden itibaren rastlanmaktadır. Ali Gav Mahallesi’nin 1847-48 yılı temettüat defterinde adı geçmemektedir. Buna göre Ferhuniye Mahallesi’nin Yavuz Sultan Selim ve Kanuni dönemlerinde muhtemelen bu mahallelerden birinin adıyla anıldığı tahmin edilmektedir.
1847-48 yılı temettüat defterinde Ferhuniye Mahallesi’nde 5 grupta toplam 43 mükellef vergilendirilmiştir.
Bölgede pek çok tarihî eser bulunmaktadır. Bunlardan bazıları zamanımıza kadar gelebilmiştir. Tam yeri bilinmemekle beraber meşhur Alâeddin Keykubat’ın Darüşşifası da bu bölgededir. Bu sebeple bölgenin doğusu Tarla, doğudan itibaren Ferhuniye, Sakahane ve Binari mahalleleri halk arasında Yıkık Mahalle olarak da anılmıştır.
Mahalle sınırları içerisinde yer alan Ferhuniye Mescidi ve Türbesi Selçuklu sultanlarından Keykavus’un kızı Fatma Hatun tarafından 700/1300 yılında yaptırılmıştır. Zaviye ve darülhuffazı da bulunmaktadır. Beşarebey Mescidi, kapısı üzerinde bulunan kitabesine göre Selçuklu Sultanlarından I. İzzeddin Keykavus Döneminde 616/1219 yılında Emir-i Ahur Zeyneddin Beşarebey tarafından yaptırılmıştır. Fuar alanı içerisinde Beşarebey Mescidi’nin doğusunda ve Süt Tekkesi Sokağı birinci çıkmazında yer alan Ayabakan/Hızır-İlyas Tekkesi ve Türbesi de mahallede yer alan Selçuklu Dönemi eserlerindendir. Ayrıca mahallede naip hangâhı ve bu dönemde Selçuklu devlet adamlarına ait pek çok konak mevcuttur. Mahalledeki Abdullah Dede Evi de günümüze gelebilmiş tarihî yapılardandır. Eski Adliye Binası Cumhuriyet Döneminde mahalleye kazandırılmış önemli yapılardandı. Tarihî Selimiye Fırını ise mahalleye günümüzde nakledilmiştir.
Son duruma göre mahallenin sınırlarını doğuda Ankara, batıda Vatan, Ahmet Hilmi Nalçacı, kuzeyde Ulaşbaba caddeleri, güneyde Alâeddin Bulvarı’yla Müneccimbaşı Sokağı oluşturmaktadır. 2014 yılı Martında bölgedeki Tarla, Devricedit, kısmen Yenişehir ve kısmen de Medrese mahalleleri Ferhuniye Mahallesi ile birleştirilerek bir mahalle hâline getirilmiştir. Böylece bölgede Tarla, Sakahane, Binari, Devricedit ve Medrese tamamen Kalenderhane Mahallesi de kısmen tarihe karışmış bulunmaktadır.
Mahallede geniş bir alana sahip Hacı Kaymakzadeler, Fettahzade Rahmi Efendi, Adliye Binasının çevresinde bulunan eve sahip olan Ellikinin Osman oğlu Mustafa, Tatar’ın Tahir ve Ayabakan Türbesi’nin yanında oturan Halil adında bir zat mahallenin eski sakinlerindendir.
