Sultan I. Mesut’un büyük oğludur. Anasının kim olduğu kaynaklarda geçmemekle birlikte, Haçlı müelliflerinden seyyah Nicola de Treveth, anasının Hristiyan olduğunu, ölürken de oğluna Hristiyan olmayı vasiyet ettiğini yazmıştır. Ayrıca Aksaray’da Alman Henry ile görüşmesi esnasında Kılıçarslan’ın bizzat kendisinin anasının asil bir Alman Hristiyan olduğunu itiraf ettiğini yazar. Babası Elbistan’ı fethedince buraya veliahdı Kılıçarslan’ı melik tayin etti (539/1144). Dolayısıyla Kılıçarslan’ın meliklik dönemi (1144-1155), doğudaki Artuklu ve Zengilere sınır bölgelerindeki Elbistan, Maraş, Behinsi, Antep gibi şehirlerin ele geçirilmesi mücadeleleri içinde geçer. Keysun (Göksün) ve Maraş’a akınlar düzenleyen (541/1147) Kılıçarslan, Bizans İmparatoru I. Manuel Komnenos’un saldırıları ve II. Haçlı Seferi’nin başlaması sebebiyle başarıya ulaşamadı. Ardından babasının Artuklular ve Zengîlerle birlikte Kuzey Suriye’deki Haçlılar üzerine düzenlediği sefere katıldı ve Maraş’ın Haçlılardan alındığı seferde hazır bulundu (544/1149). Bir yıl sonra onun da katıldığı sefer sonunda Keysun, Behisni ve Ra’ban ele geçirildi. Ayıntab (Antep) ve Tel Başir’in kuzeyindeki yeni fethedilen yerleri de Kılıçarslan’ın idaresine bırakan Sultan Mesut, Rebiyülevvel 550’de (Mayıs 1155) öleceğini hissedince ülkeyi üç oğlu arasında taksim etti. Kılıçarslan’ı Konya’da sultan ilan edip tahta çıkardı ve başına taç koyup önünde eğildi. Kılıçarslan’ın tahta çıktığında kırk yaşlarında olduğu tahmin edilmektedir. Küçük oğlu Şahin Şah’a Ankara, Çankırı ve Kastamonu’yu, damadı Danişmentli Yağıbasan’a (Yakub Aslan) Sivas ve çevresini, diğer damadı Danişmentli Zünnun’a Kayseri ve civarını verip Sultan Kılıçarslan’a itaat etmelerini sağladı. Ortanca oğlu Devlet’e ise (Dolat) hangi şehirlerin bırakıldığına dair bilgi yoktur.
Sultan Mesut’un ölümünün ardından kardeşler arasında anlaşmazlık çıktı ve saltanatının ilk yılları Bizans, Artuklu-Zengi ve kardeşleri ile mücadeleler ile geçti. Devlet (Dolat) yakalanarak bertaraf edilirken, Şahin Şah Ankara ve Çankırı taraflarına kaçtı. Yağıbasan, yeğeni Kayseri hâkimi Zünnun, Şahin Şah ve diğer Danişmentli emirleri Kılıçarslan’a karşı ittifak oluşturdular. Bizans İmparatoru Manuel de onları destekledi. Yağıbasan. Kayseri’yi ele geçirip şehirde yaşayan çok sayıda Hristiyan’ı kendi hâkimiyet bölgesine götürdü. Bunun üzerine Kılıçarslan Yağıbasan’a karşı yürüdüyse de din adamları araya girip savaşı önlediler. Bir süre sonra Yağıbasan bu defa Elbistan’a saldırıp 70.000 kişiyi kendi ülkesine götürünce II. Kılıçarslan ikinci defa harekete geçti. İki ordu savaşa hazırlanırken din adamları yine araya girerek taraflar arasında bir antlaşma imzalanmasını sağladılar. Antlaşma Kılıçarslan lehine bazı maddeler içeriyorsa da sürgün edilen halkın iadesiyle ilgili bir hüküm yoktu. İbnül-Kalanisî, Kılıçarslan’ın Şaban 550’de (Ekim 1155) Aksaray yakınlarında Yağıbasan üzerine hücuma geçtiğini ve Danişmentlileri bozguna uğrattığını kaydederken muhtemelen bu olaydan bahsetmektedir.
Kılıçarslan’ın Danişmentlilerle mücadelesini fırsat bilen Atabeg Nureddin Mahmut Zengî, Ramazan 550 (1155)’de Türkiye (Anadolu) Selçuklularının hâkimiyetindeki Ayıntab ile Ra’ban’ı ve diğer bazı şehir ve kaleleri ele geçirdi. Ertesi yıl Kilikya Ermeni Hâkimi II. Thoros’un kardeşi Stefan, Maraş’ı yağmalayarak tahrip etti. Sultanın bölgeye hareketi üzerine Stefan, Maraş-Elbistan arasındaki Pertus Kalesi’ni Selçuklulara bırakıp ilişkilerini düzeltti. Bu olayın ardından Atabeg Nureddin’e bir mektup göndererek babasının belirlediği sınırlara tecavüz ettiğini söyledi ve ele geçirdiği toprakları geri vermesini istedi. Kılıçarslan, Nureddin’den olumlu cevap alamayınca Ermeniler, Haçlılar, Danişmentli Zünnun ve Nureddin’in kardeşi Nusretüddin Emir-i Miran ile onlara karşı bir ittifak oluşturdu. Ayintab’ı zapt edip Ra’ban üzerine yürüdü. Bu sırada Kudüs kralı ile Antakya prinkepsi, Nureddin’in topraklarına saldırınca Nureddin işgal ettiği yerleri Kılıçarslan’a verip Halep’e çekilmek zorunda kaldı (552/1157).
Doğu’da bunlar olurken, Bizans İmparatoru Manuel Komnenos da Anadolu’ya yönelerek Kılıçarslan’ın daha önce ele geçirdiği yerleri geri aldı. Kilikya’ya karşı 1158 yazında bir sefer düzenleyerek Kilikya’ya hâkim olan Manuel, Nisan 1159’da Antakya’ya girip gücünü Ermeni ve Latinlere de göstermiş oldu. Ancak dönüşünü Larende (Karaman) ve Kütahya üzerinden yaptığından, bölgedeki Türkmenler Bizans ordusuna saldırarak ağır kayıplar verdi.
1159 yılı, Konya Selçuklu sultanlığı için üç cepheden saldırıya uğradığı bir yıl oldu. Bizans imparatoru, Kılıçarslan’a karşı ortak bir cephe oluşturduktan sonra tekrar sefere çıkarak Dorylaion’u (Eskişehir) zapt edip buradaki Türkmenlere ait insan ve hayvanları sürüp götürdü. Bu sırada müttefiki Nureddin Mahmut Zengî, Selçuklu topraklarına girerken Danişmentli Yağıbasan da Elbistan’ı ele geçirdi. Manuel, Suriye’deki Haçlılardan yardım istedi. Kendisi de ordusuyla Menderes Ovası’na indi. Ayrıca Yağıbasan ve sultanın kardeşi Melik Şahin Şah ile gizli bir ittifak yaptı. Yağıbasan’ın gayretiyle Danişmentli Zünnun ve Malatya Emiri Zülkarneyn de bu ittifaka dâhil edildi.
Dört bir taraftan kuşatılan Sultan Kılıçarslan, bir hamle yaparak Bizans imparatoru ile barış yapmaya karar verdi. Buna göre son yıllarda ele geçirdiği şehirleri geri vereceğini, ülkesindeki esirleri iade edeceğini, sınırlardaki Türkmen akınlarını durduracağını ve ihtiyaç hâlinde askerî yardımda bulunacağını, antlaşmayı teyit amacıyla İstanbul’a gelmek istediğini bildirdi. Böylece 1161 sonbaharında Bizans-Selçuklu çatışmaları durdu. Ancak bu sırada Yağıbasan, Saltuk b. Ali’nin Kılıçarslan’a gelin olarak getirilmekte olan kızının bulunduğu düğün alayına saldırıp gelini yeğeni Zünnun’a nikâhladı. Saldırıya öfkelenen Kılıçarslan, Yağıbasan üzerine yürüdüyse de mağlup oldu. Kendine karşı oluşan bu ittifakı kırmak için ne kadar taviz verdiyse de başarılı olamadı. Nihayet beklenmedik bir hamle yaparak kardeşleri ve Danişmentlilerle ittifak yapan imparatorla görüşmek ve bu zor durumdan kurtulmak amacıyla bir antlaşma yapmak üzere İstanbul’a gitti (1162).
Kaynaklar, Kılıçarslan’ın İstanbul’a gidişi ile ilgili geniş detaylar verirler. Sultan yanında 1.000 atlı ile gittiğini, Papaz Grigor’u kaydına göre İstanbul’a giderken müttefiki Nureddin Mahmut’un kardeşi Emir-i Miran’ı da yanında götürdüğünü söyler. Düşmanlarını birbirine düşürmek suretiyle zayıflatmak hesabı içindeki Bizans imparatoru, Sultan’ı muhteşem törenlerle karşıladı, şehrin güneyindeki bir sarayda konuk etti. Ebü’l-Ferec’e göre sekiz gün, Khoniates’e göre uzun bir süre (seksen gün) İstanbul’da kalan Kılıçarslan’a günde iki öğün yemek altın tabaklarda veriliyor ve bu tabaklar geri alınmıyordu. Niketas bir Müslüman’ın bu süre içinde başarısız bir uçma deneyiminden ve Kostantiniyye halkının Sultan ile gelen bin kadar Türk ile alay ettiğinden ve onlar şehirde gezerken esnafın madeni kapları birbirine çarparak protesto ettiğinden bahseder. Bu ziyaret sonunda Kılıçarslan ile Bizans imparatoru bir antlaşma yaparak; ölünceye kadar ya da on yıl süreyle imparatora sadakat göstermeyi, onun düşmanlarıyla iş birliği yapmamayı, önemli şehir ve kaleleri geri vermeyi, Türkmenlerin Bizans topraklarına saldırılarına engel olmayı, imparatorun izni olmadan düşmanlarıyla anlaşma yapmamayı, gerektiğinde doğu ve batıda ordusuyla imparatorla birlikte savaşmayı karşılıklı taahhüt ettiler. Kılıçarslan, bu antlaşma ile Bizans cephesini güvenceye alarak doğudaki sorunlarla ilgilenmeyi hedeflerken; Bizans imparatoru da Kılıçarslan ile anlaşarak aslında doğu cephesini güvenceye alarak Balkanlardaki sorunlarla ilgilenme fırsatı bulacaktı. Niketas bu anlaşma için: “İmparator kendinin doğudaki durumunu iyileştireceği ve bundan başka kişisel hükümdarlık ününü de yükselteceği gibi aldatıcı bir ümide kapılmıştı” demektedir. Gerçekten de bu anlaşmadan sonra on yıl Selçuklularla Bizans arasında bir savaş vukua gelmemiştir.
Kılıçarslan Bizans’tan dönünce, anlaşma hemen karşılığını bulmuş, İmparator Manuel’in Kılıçarslan ile iş birliği yapmasını kendileri için tehlikeli gören Anadolu’daki beyler, elçiler gönderip sultanla barışmak istediklerini bildirdiler. Anadolu’daki rakiplerinin işini bitirmek için Mezopotamya’nın bütün emirleri, askerleriyle beraber, Yakup Aslan’ın etrafına toplanmış olan Kara Aslan’ın üzerine yürüdü. Fakat birbirine yaklaşınca, iki taraf da birbirinin çokluklarından korkarak barış akdettiler. Bunun üzerine imparator, Kılıçarslan ile Anadolu’daki rakip ve düşmanları arasında bir anlaşma yapılmasını sağladı. Kılıçarslan böylece aleyhindeki bir ittifakı bozarak daha güçlü bir durumda memleketine döndü ve Anadolu’da birliği yeniden sağladı.
Kılıçarslan’ın bu hamlesi, Anadolu’daki Türk varlığının sağlanması ve rakiplerinin devre dışı bırakılması bakımından Selçuklu tarihi açısından dönüm noktalarından biridir. Çünkü Kılıçarslan batı cephesini sağlama aldıktan hemen sonra, Artuklu emirleriyle birlikte Yağıbasan’ın elindeki Malatya üzerine yürüyüp şehri ele geçirdi. Sultana karşı kardeşi Şahin Şah’tan yardım almak isteyen Yağıbasan Çankırı’ya gittiği sırada orada öldü (559/1164). Onun ölümünden sonra kardeşleri arasında anlaşmazlık çıktı. Bu anlaşmazlıklardan yararlanan Kılıçarslan 560’ta (1165) Elbistan, Darende ve Gedük (Şarkışla) yöresini, Nureddin Mahmut Zengî’nin istila ettiği Ra’ban, Göksün, Maraş ve Behisni’yi ele geçirdi. 564’te (1169) Kayseri ve Zamantı’yı Danişmentli Zünnun’un elinden alarak Selçuklu topraklarına kattı. Ankara ve Çankırı’yı da kardeşi Şahin Şah’tan aldı. Topraklarını kaybeden emirler Nureddin Zengi’ye başvurup yardım istedilerse de o sırada Mısır’la uğraşan Nureddin, onlarla ilgilenemedi.
Kılıçarslan, 566’da (1171) Malatya’yı kuşatınca, Danişmentli Zünnun ile Danişmentlilerin Malatya hâkimi Feridun (Efridun), Zengi lideri Nureddin Mahmut’a sığındılar. Kılıçarslan, Malatya’yı ele geçirdikten sonra, civarda yaşayan yaklaşık 12.000 kişiyi yanına alıp Kayseri’ye dönmüştü. Malatya’nın Selçukluların eline geçmesiyle ana yollarla Fırat boylarını tehlikeye düşürdüğünden, Zengileri Selçuklularla karşı karşıya getirdi. Nureddin hemen harekete geçerek önce Kılıçarslan’a haber gönderip Danişmentli topraklarını sahiplerine iade etmesini, Şahin Şah’ın çocuklarını serbest bırakmasını ve Malatya’dan götürdüğü 12.000 kişiyi geri göndermesini istedi. Bu isteklerine Kılıçarslan’dan ret cevabı alınca, Ra’ban, Göksün, Behisni’yi, Fırat’ın sağ tarafında Selçuklulara ait yerleri ve Maraş’ı işgal etti (20 Zilkade 568/3 Temmuz 1173).
Bu sırada Ermeni hâkimi Mleh Kilikya’ya saldırdı. Müttefiki Nureddin de savaşa girmeden ret cevabı alınca da Nureddin’in kendisine sığınan veya saflarına katılan Danişmentli ve Artuklu beyleriyle oluşturduğu ittifaka Sivas Danişmentli Emiri İsmail de girdi. Sivas’ta toplanan müttefikler Kılıçarslan’la savaşmak için yola çıktılar. Bu esnada kıtlık yüzünden büyük sıkıntı içinde bulunan Sivas halkı emirleri İsmail’e isyan ederek onu öldürdü. Nureddin’in askerî desteğiyle Sivas’a gelen Zünnun idareye hâkim oldu. Buna öfkelenen Kılıçarslan da harekete geçti. İki ordu Ceyhan Nehri’nin iki yakasında karşı karşıya geldi. Taraflar savaşa girmek üzereyken iki Müslüman devletin savaşmasının Haçlıların işine yarayacağını söyleyen âlimler ve din adamlarının araya girmesiyle Kılıçarslan barış talebinde bulundu. Nureddin, Kılıçarslan’a bir mektup göndererek şartlarını kabul ettiği takdirde barışa razı olacağını bildirdi. Nureddin mektubunda onu zındıklık, felsefi düşünceleri benimsemek ve cihadı terk etmekle itham ediyor, elçisinin huzurunda tecdid-i iman etmesini, ihtiyaç hâlinde kendisine asker göndermesini ve Bizans’la cihat etmesini şart koşuyordu. Kılıçarslan bu şartların hepsini kabul ettiğini bildirince taraflar arasında Zilkade 568’de (Temmuz 1173) anlaşma sağlandı. Nureddin Mahmut, Fahreddin Abdülmesih adlı kumandanını bir miktar kuvvetle Zünnun’u himaye için Sivas’ta bırakıp ülkesine döndü. Nureddin’in ölümü üzerine (569/1174) en güçlü rakibinden kurtulan Kılıçarslan bir yıl sonra Danişmentli hâkimiyetindeki Sivas, Niksar, Tokat ve Komana ile bütün Danişment ilini ele geçirdi. Mengücüklüler de ona tabi oldu. Bu gelişmeler üzerine Kılıçarslan, Anadolu’nun önemli bir kısmını hâkimiyeti altına alırken, Şahin Şah ile Zünnun tekrar İmparator Manuel’e sığındılar. Kılıçarslan bu tarihten itibaren Bizans’a karşı daha tehditkâr bir tutum izlemeye başladı. Nureddin Mahmut, Kılıçarslan, Ermeni hâkimi Mleh ve Anadolu’daki bazı beylerin kendisine karşı birleştiğini gören İmparator Manuel Komnenos harekete geçip Philadelphia’da (Alaşehir) karargâh kurdu (1173) ve Kılıçarslan’a elçi gönderip onu ihanetle suçladı. Sultan ise verdiği cevapta Bizans’la iş birliği yaptığı için Abbasi Halifesi Müstazi-Biemrillah’ın kendisine kızdığını söyledi. Bu sırada Türkmen akınları Denizli, Kırkağaç, Bergama ve Edremit’e kadar uzanıyordu.
Kılıçarslan’ın Anadolu’da rakipsiz bir güç hâline gelmesi İmparator Manuel’i rahatsız etti. Selçuklu gücünü kırmaya kararlı olan imparator, Kılıçarslan’dan Türkmenlerin zapt ettiği yerlerin iade edilmesini istedi. Sultan görünürde bu istekleri yerine getirmeye çalıştıysa da Türkmenleri desteklemeye devam etti. Türkmenlerin Sandıklı’ya yaptığı akınlardan rahatsız olan imparator 1173’te Alaşehir’e kadar ilerleyince savaşa hazırlıklı olmayan Kılıçarslan bir elçi gönderip Türkmen saldırılarından sorumlu olmadığını bildirdi. Türkmen saldırılarının devam etmesi ve Denizli, Bergama. Edremit’e kadar ulaşması üzerine sultanı gerekli tedbirleri almamak ve antlaşma şartlarına uymamakla suçlayan imparatorun kendisine karşı sefere çıkacağını öğrenen Kılıçarslan, 1162’de yapılan antlaşma uyarınca geri vermeyi vaat ettiği şehirleri teslim almak üzere bir Bizans kuvvetinin gönderilmesini istedi. Ancak sultanın uyguladığı başarılı taktik sayesinde Bizans birliği Anadolu’dan eli boş döndü. Bu sırada imparator da Eskişehir yakınlarına geldi ve Türkler tarafından yıkılmış olan Dorylaion Kalesi’ni tekrar inşa ettirdi. Daha sonra Menderes Ovası’na inerek Sublaion (Homa) Kalesi’ni yeniden yaptırıp buraya bir garnizon yerleştirdi. İmparatorun Türkmenlere karşı çifte savunma hattı oluşturması da pek işe yaramadı ve Türkmen saldırılara devam etti. Buna rağmen Kılıçarslan’ın antlaşmayı yenileme tekliflerini reddetti ve bütün kuvvetlerini toplayarak sefere çıkmaya karar verdi (1175).
İmparator Konya’yı bizzat istila edecek böylece hem Anadolu’da Bizans hâkimiyetini yeniden sağlayacak, hem de Kudüs yolunu açarak itibarını arttıracaktı. Hatta Türkler karşısında kazandığı bazı savaşlar münasebetiyle Papa III. Aleksandre’a bir mektup göndererek Türk meselesini halletmek üzere olduğunu, bundan dolayı papanın Haçlı seferi için çağrıda bulunmasının isabetli olacağını bildirmişti. Ayrıca kendine sığınmış olan Şahin Şah ile Zünnun da harekete geçirerek Mikhail Gabras ile birlikte Amasya üzerine gönderdiği Şahin Şah Eskişehir yakınlarında pusuya düşürüldü. Amasya’yı ele geçirme arzusu gerçekleşmeyince Andronikos Vatatzes kumandasında Niksar’a bir ordu gönderip Zünnun’un buraya hâkimiyetini sağlamak ve Türk kuvvetlerini bu yörede oyalamak istedi. Ancak Bizans ordusu mağlup oldu ve Zünnun başarı elde edemeden geri döndü.
Manuel 1176 ilkbaharında Fransız, Alman, İngiliz, Macar, Sırp, Gürcü, Kuman (Kıpçak) ve Peçeneklerin de yer aldığı büyük bir orduyla Anadolu’ya geçti. Ancak müttefiklerin gecikmesi yüzünden yaz aylarında yola çıkabildi. Lopadion’daki (Uluabad) ordugâhtan ayrıldıktan sonra güneye doğru inerek Balıkesir, Sardes, Alaşehir, Laodikeia (Denizli), Khonai (Honaz), Lampis (Dazkırı), Dinar, Sozopolis (Uluborlu) üzerinden Homa ve harabe halindeki Miryokefalon Kalesi’ne doğru ilerledi. Selçuklu kuvvetleri büyük gruplar hâlinde Bizans ordusunun geçebileceği yolları tutuyor ve onlara baskınlar düzenleyip yıpratmaya çalışıyordu. Bu amaçla ekinler ve otlar tahrip edildi; su kaynakları ölü hayvan leşleri atılarak kirletildi. Bu yüzden çıkan hastalıklar sebebiyle pek çok Bizans askeri öldü. Sultan Kılıçarslan imparatora bir defa daha barış teklifinde bulundu. Ancak İmparator Manuel kumandanlarının uyarısına rağmen savaşmakta ısrar etti.
İmparator Manuel ile bir anlaşmaya varılamayacağını anlayan Kılıçarslan, ordusunu Miryokefalon Kalesi’nin yakınlarında Eğirdir Gölü’nün kuzeyindeki Tzibritze Geçidi’nin en dar yerine yerleştirdi. Miryokefalon Savaşı’nın cereyan ettiği mevki konusunda çeşitli görüşler ileri sürülmüştür. Araştırmalarda savaş alanı olarak Düzbel, Gelendost, Kumdanlı (Hoyran), Sultandağı eteklerindeki Kırkbaş köyü, Çivril ve Karamıkbeli gösterilmektedir. Bütün ağırlıklarıyla geçide giren Bizans ordusu yamaçlarda mevzilenmiş olan Türklerin ani saldırısıyla karşılaştı. Türk birlikleri geçidi kapattığı için de çıkış yolu bulamayıp paniğe kapıldı. Savaşa bizzat katılan İmparator Manuel muhafız kuvvetlerinin desteğiyle geriye doğru kaçıp kurtulabildi. Akşama kadar devam eden saldırı sonunda Bizans ordusu tamamen imha edildi (17 Eylül 1176). İmparator Manuel gizlice kaçmak istediyse de bir nöbetçinin kendisini hainlikle suçlaması üzerine bu fikrinden vazgeçti. Türkler ise bol miktarda ganimet ve sayısız esir ele geçirdiler.
Manuel Komnenos, Sultan Kılıçarslan’a barış teklifinde bulundu Kılıçarslan, Sublaion ve Dorylaion kalelerinin yıkılması ve 100.000 altın göndermesi şartıyla imparatorun barış teklifini kabul etti. Kaynaklardaki bilgilerden Bizans’ın savaş tazminatı ödemeyi de kabul ettiği anlaşılmaktadır. Bu kadar büyük bir zaferin ardından Kılıçarslan’ın basit şartlar içeren bir antlaşmaya neden razı olduğu bilinmemektedir. Süryani Mikhail, böyle bir antlaşmaya razı olduğu için Türklerin, sultanı hainlikle suçladıklarını kaydeder. Antlaşmanın ardından İstanbul’a hareket eden Manuel, Sublaion’u tahrip ettiği hâlde Dorylaion’u yıktırmadı. Sultan Kılıçarslan da buna karşılık Menderes bölgesine 24.000 kişilik askerî birlik sevk ederek onun bu davranışına karşılık verdi. Kılıçarslan’ın bu akınları Manuel’in ölünme kadar devam etti. Uluborlu, Kütahya, Dorylaion, Selçukluların eline geçti (576/1180). Bu akınlar neticesinde Selçuklu orduları Denizli ve Antalya’ya kadar ulaştılar; fakat ele geçirilemedi. Sultan Malatya patriğine yazdığı bir mektubunda uç bölgelerinde Bizans’a ait yetmiş iki kaleyi ele geçirdiklerini bildirmiştir.
Diğer taraftan Kılıçarslan, sadece Bizans’ın değil bütün Doğu’nun kaderini belirleyen bu zaferiyle batı sınırlarını güven altına almış, Türklerin Anadolu’da artık kalıcı olduklarını da göstermiştir. Bizans ordusu ise bir daha eski gücüne kavuşamamış, imparator papalık nezdinde itibarını kaybetmiştir. Manuel Komnenos, Miryokefalon yenilgisinin hemen ardından İngiltere Kralı II. Henry’ye gönderdiği mektupta tahta geçtiği tarihten itibaren Türklere karşı kin beslediğini, bu sebeple ilk fırsatta onların üzerine yürüdüğünü, ancak ağırlıkları yüzünden süratle ilerleyemediklerini, askerlerin yolda hastalıktan perişan olduğunu, buna rağmen kahramanca savaştıklarını, yeni bir saldırı için hazırlık yaptıklarını öğrenen Selçuklu sultanının ülkesindeki esirleri serbest bırakmaya ve isteklerine tabi olmaya söz vererek barış yapmak için elçi gönderdiğini, artık Konya’yı ele geçirmenin imkânsız olduğunu düşünerek sultanın ricasını kabul ettiğini ve antlaşmaya razı olduğunu bildirmiştir. Miryokefalon Savaşı, özellikle Anadolu’nun Türkleşmesi açısından çok önemli bir dönüm noktası teşkil eder. Malazgirt yenilgisinden beri Anadolu’yu geri alabileceklerini ümit eden Bizanslıların bu ümitleri Miryokefalon’da uğradıkları hezimetle tamamen yok olmuş, bu tarihten itibaren Türk akınları devam ederken Bizans elindeki toprakları koruyabilmek için savunmaya çekilmiştir. Ege sahil şeridi dışında Anadolu’da hâkimiyet Türklerin eline geçmiştir. Bu zaferle Haçlı seferlerinin doğurduğu olumsuz sonuçlar da ortadan kaldırılmıştır. Sultan Kılıçarslan, başta halife olmak üzere komşu hükümdarlara zafernameler göndermiş, onun zaferi İslam ülkelerinde bayram sevinciyle kutlanmıştır.
Kılıçarslan, Bizans tehlikesini bertaraf ettikten sonra Malatya üzerine yürüdü ve dört aylık bir kuşatmadan sonra 11 Cemaziyelevvel 574’te (25 Ekim 1178) şehri ele geçirip Danişmentli hanedanının bu koluna son verdi. Ardından Selahaddin-i Eyyubi’ye elçi gönderip Ra’ban’ın kendisine iade edilmesini istedi. İsteği reddedilince de kaleyi geri almak için asker sevk etti. Ancak Selahaddin’in, yeğeni el-Melikül-Muzaffer Takıyyüddin Ömer kumandasında gönderdiği kuvvet karşısında mağlup oldu (575/1179). Kılıçarslan’ın ertesi yıl Artuklu Nureddin Muhammed b. Karaarslan’ın hâkimiyetindeki Hasankeyf (Hisnıkeyfâ) üzerine yürümesi Selahaddin-i Eyyubi’yi büsbütün öfkelendirdi. Selahaddin, müzakereler sonuç vermeyince Haçlılarla anlaşma yaparak Kılıçarslan’a karşı sefere çıktı. Durumun ciddiyetini kavrayan Kılıçarslan veziri İhtiyarüddin Hasan’ı gönderip barış istedi. Neticede taraflar arasında barış sağlandı ve Ermenilere karşı birlikte hareket edilmesine karar verildi. Onlara karşı koyamayacağını anlayan Ermeni hâkimi III. Rupen esir aldığı Türkmenleri serbest bırakıp çok miktarda para göndererek barış istedi (576/1180).
Sultan Kılıçarslan, yaşlılık çağında muhtemelen 580 (1184-85) yılında ülkeyi on bir oğlu arasında taksim ederek buralara melik olarak gönderdi. Büyük oğlu Kutbüddin Melik Şah’a Sivas ve Aksaray’ı, Rükneddin Süleyman Şah’a Tokat ve Karadeniz’e kadar uzanan toprakları, Muhyiddin Mesut Şah’a Ankara merkez olmak üzere Çankırı ve Eskişehir’e kadar uzanan bölgeyi, Nureddin Mahmut Sultan Şah’a Kayseri ve civarını, Mugisüddin Tuğrul Şah’a Elbistan’ı, Muizzüddin Kayser Şah’a Malatya’yı, Nasırüddin Berkyaruk Şah’a Niksar ve Koyulhisar’ı, Nizameddin Argun Şah’a Amasya’yı, Sencer Şah’a Ereğli’yi, Aslan Şah’a Niğde’yi, en küçük oğlu Gıyaseddin Keyhüsrev’e merkezi Uluborlu (Borgulu) olmak üzere Konya’nın doğusundan Kütahya’ya kadar uzanan toprakları ve Konya’yı verdi. Kendisi de metbu büyük hükümdar olarak veziri İhtiyarüddin Hasan ve erkânıyla Konya’da oturuyordu. Selçuklu Devleti böylece payitaht Konya’da oturan Kılıçarslan’a tabi on bir hükümete ayrılmış bulunuyordu.
Melikler bulundukları eyaletlerde kendi adlarına para bastırıyor, hutbede metbu sultandan sonra kendi adlarını zikrettiriyorlardı. Hatta Uluborlu, Kastamonu ve Tokat’taki melikler uç bölgelere yönelik fetihler yaparak Selçuklu topraklarını genişlettikleri gibi Bizans ile barış antlaşması bile yapabiliyorlardı. Bu meliklik merkezleri aynı zamanda birbirileriyle yarışan, saraylarında şairleri, filozofları, âlimleri ve sanatkârları barındıran ve yetiştiren birer ilim merkezleri hâline gelmeye başlamıştı. İbn Bibi bu meliklerin babalarına hiçbir şekilde bağımlı olmadıklarını, kendi ülkelerinde her şeyi yapmaya yetkili bulunduklarını kaydeder. İlk yıllarda melikler Konya’daki büyük hükümdar babalarının huzuruna gelerek tabiiyetlerini ve vazifelerini bildiriyorlardı.
Ancak çok geçmeden melikler arasında saltanat mücadelesi başladı. Kutbüddin Melik Şah babasına karşı çıktı ve iki tarafın kuvvetleri 584’te (1188) Kayseri civarında karşı karşıya geldi. Ancak Melik Şah’ın askerleri Kılıçarslan’a karşı savaşmaktan çekindiği için çarpışma olmadı. Vezir İhtiyarüddin Hasan’ın öldürülmesinin ardından Melik Şah babasına kendisini veliaht ilan etmesi için baskı yaptı ve sultanı yanına alarak diğer kardeşlerini bertaraf etmek amacıyla harekete geçti (586/1190). Kutbeddin Melik Şah Konya’yı ele geçirerek büyük sultan Kılıçarslan’ı bir esir ve alet vaziyetine düşürdü.
Tam bu sırada Hittin Savaşı’nda (4 Temmuz 1187) Selahaddin Eyyubi’nin Haçlıları mağlup ederek Kudüs’ü fethetmesi üzerine Papa VIII. Gregorius, III. Haçlı Seferi için çağrıda bulundu. Frank kralları ile orduları (Alman, İngiliz…) Alman İmparatoru Friedrich Barbarossa komutasında büyük heyecan içinde III. Haçlı Seferi’ne çıktılar (1190). Friedrich Barbarossa, Mart 1190’da Gelibolu’dan Anadolu’ya geçip güneye ilerleyerek Uluborlu civarında Selçuklu topraklarına girdi. Sayıları 200.000 ile 600.000 arasında değişen Haçlı ordusu Rumların kılavuzluğu ile Miryokefalon Savaşı’nda düşülen hataya düşmemek için susuz ve zor geçitli yerlerden ilerlediler. Balıkesir, Alaşehir üzerinden Orta Anadolu’ya yönelen Haçlılara karşı, bölgenin hâkimi olan Melik Gıyaseddin Keyhüsrev ağabeyleri Kutbüddin Melikşah ve Muhyiddin Mesut ile birlikte Haçlılara karşı kahramanca savaştı. Ancak II. Kılıçarslan savaşa girmektense küçük birliklerle onlara baskın düzenlemeyi tercih etti ve Türkmenler onlara hücum edip birçoklarını öldürdüler. Fakat onlar açlıktan dolayı sıkışık bir vaziyette bulunduklarından, Akşehir yakınlarında Selçuklu meliklerinin bir araya gelerek oluşturduğu Türkmenler yenilerek Konya’ya doğru çekilmek zorunda kaldılar. Haçlı ilerleyişini önlemek için Konya çevresinde bir dizi çukur ve engeller oluşturan Selçuklu ordusu, ok yağmuruna tuttukları Frankların, ilerleyişini önleyemedi. Almanlardan oluşan Haçlı ordusunun Konya yakınlarında Sultan’a ait surlarla çevrili iki sarayı tahrip ettiği, ırmaklarla sulanmış yeşil bir saha olan bugünkü Meram bağlarında konaklayıp, erzaklarını tamamladıktan sonra, boşaltılmış olan başşehir Konya üzerine yürümeğe karar verdiler. Konya’nın askerle dolu olduğunu düşünerek, hendek ve surlara karşı girişilen saldırılar, püskürtüldü ise de geri kalan Suab dükünün askerlerinden oluşan kısmı Konya içine kadar gelip içeri girdiler, çarşıyı yakıp yıkarak birçok kişiyi öldürdüler (17 Mayıs 1190). Bu olaydan on yıl sonra tanzim edilen Altun-aba vakfiyesinde “eski çarşı” ve “yeni çarşıdan” bahsedilmesi, Haçlı tahribatı ile yıkılan çarşıyla alakalı olmalıdır. Haçlı kronikleri gördükleri Selçuklu başkenti Konya’ya hayran kalmışlar, Konya’nın, Almanların o zamanki en büyük şehri olan Köln kadar büyük olduğunu yazmışlardır. Savaş devam ettiği sırada, Kılıçarslan aralarında eski bir dostluk bulunan Friedrich Barbarossa’ya, Alâeddin Tepesi’ndeki kale içindeki saraydan haber göndererek mesuliyetin oğluna ait olduğunu, kendisinin mağdur olduğunu bildirerek onlarla barış yaptı. Franklar, Konya’da beş gün kaldıktan sonra, gerekli levazımatını tamamlayıp, yanlarına yirmi beş Selçuklu emirini de rehin alarak Haziran ortalarında Konya’dan Kilikya’ya doğru yola çıktılar. II. Kılıçarslan onları Larende (Karaman) tarafından Silifke-Mut (Sartavul Geçidi) üzerinden Kilikya’ya yönlendirdi. Ancak imparator sıcak havada serinlemek için girdiği Göksu Nehri’nde boğulunca (10 Haziran) ordusu dağıldı. Cenazesi, oğlu tarafından Antakya’ya nakledildi.
Haçlı tehlikesinin geçmesinden sonra babasını meliklik mücadelesine sürükleyen Melikşah, Malatya Meliki Kayser Şah’ı firara mecbur ettikten sonra (587/1191) Kayseri Meliki Nureddin Sultan Şah üzerine yürüdü. Kuşatma sırasında Kılıçarslan, Nureddin Sultan Şah’ın yanına kaçtı. Bu gelişme üzerine Kutbeddin Melik Şah da geri dönmek zorunda kaldı. Kayseri Meliki Nureddin de babasını kendi lehine zorlayınca Kılıçarslan ona: “melun evlat” diyerek oradan da ayrılıp küçük oğlu Uluborlu Meliki Gıyaseddin Keyhüsrev’in yanına gitti ve onu veliaht tayin etti. Süryani Mikhail sultanın bu durumunu: “Sultan Kılıçarslan, oğulları tarafından tart edildikten sonra, bir yerden öbür yere dolaşıyordu” diye ifade etmektedir. Ardından Melik Şah’tan intikam almak üzere Konya’ya yürüdü. II. Kılıçarslan ve oğlu Gıyaseddin Konya halkı, Türkmenler ve Bizans’ın desteğiyle şehri ele geçirip tahta çıktı. Melik Şah da Aksaray’a kaçmak zorunda kaldı. İhtiyar sultan, oğlunun peşini bırakmayarak Gıyaseddin ile birlikte Melik Şah’ın üzerine yürüdüyse de yolda hastalandı. Konya’ya geri dönerken Ereğli yakınlarında vefat etti (26 ağustos 1192). Naaşı Konya’ya getirilerek Alâeddin Camii’nin bitişiğindeki türbeye (kümbed-hane) defnedildi. Zehirlenerek öldürüldüğü de rivayet edilir. Yaklaşık seksen yaşında vefat eden Sultan Kılıçarslan, otuz sekiz yıl hüküm sürmüştür. Geride bıraktığı topraklar on iki oğluna kaldı. Oğulları arasındaki mücadelelere rağmen Selçuklu Devleti’nin ciddi bir sarsıntı yaşamaması, geride bıraktığı devleti ne denli sağlam temellere oturttuğunu gösterir.
Bu devrin canlı bir tanığı olan Bizanslı tarihçi Niketas, II. Kılıçarslan’ın fiziki özellikleri hakkında şöyle der: “Kılıçarslan talihi yaver giden bir adamdı. Vücut yapısı mükemmel değildi. Elleri sakattı, her iki ayağı da topalladığından yolculuklarını araba ile yapardı. Bu yüzden de Bizans İmparatoru Andrenikos ona “Topal Aslan” lakabını vermişti. Fakat bu kusurlu beden yapısına rağmen büyük bir devletin sahibi olmuş, etrafına muazzam bir güç toplamayı başarmıştı. İhtiyarlığında bile barış içinde yaşamayı aklına bile getirmemiştir. Deniz dalgaları gibi sürekli çalkalanan, rahat ve huzur bilmeyen bir ruh yapısı vardı. Çoğu zaman bir bahane bile bulmadan saldırıya geçer, terazideki şans kefesi yükselmeye başlar başlamaz tavrı değişirdi. Yatağından taşan bir ırmak gibi Bizans Devleti üzerine yayıldı ve önüne çıkan her şeyi silip süpürdü. Zehir saçan bir ejderha gibi ağzını şehirlerimize doğru açarak buralara kötülüğünün zerkini fışkırttı…” II. Kılıçarslan adaletli bir hükümdardı. Tebaasına şefkatle muamele eder, Hristiyan ahaliye karşı da hoşgörülü davranırdı. Süryani Mikhail ile iyi ilişkiler içindeydi ve onu vergiden muaf tutmuştu. Barsuma Manastırı ve Malatya Katedrali onun zamanında tamir ettirilmiştir. Malatya’da huzurunda dinî ve felsefi tartışmalar yaptıran sultan, Süryani Mikhail’in kaydettiğine göre sefere çıkarken dahi bir tabip, müneccim ve filozof olan Kemaleddin Hubeyş et-Tiflisî’yi yanından ayırmazdı.
Kılıçarslan, Miryokefalon’da Bizans’a ağır bir darbe indirdikten sonra Danişmentlileri ortadan kaldırıp Anadolu’da Türklerin bütünlüğünü ve güvenliğini sağlamıştır. Bu tarihten sonra Türklerin Anadolu’daki sosyo-ekonomik ve kültürel hayatı değişmeye başlamıştır. Miryokefalon’a kadar (1176) Türkiye Selçuklu Devleti’ne sadık kalan ve onlar tarafından desteklenen Türkmenler, bu tarihten itibaren giderek dışlanmaya başlanmış, bunun sonucu olarak da Türkmenler, uçlara kayarak âdeta mahallî muhtariyete kavuşmuşlardır. Bu Türkmenler Selçuklularla Bizans arasında tampon bir bölge oluşturmuşlardır. XII. asrın sonuna doğru pek çok Türkçe köy isimlerinin görülmesi, göçebe unsurların yavaş yavaş yerleşik hayata geçmeye başladıklarını gösterir. Bu değişim aynı zamanda zihniyet ve devlet yapısında da önemli değişikliklere yol açmıştır. Başta devlet ve bütün kurumları yerleşik hayatın icaplarına ve İslami geleneğe göre şekil almaya başlamıştır. Göktürkler, Karahanlılar ve Büyük Selçuklularda olduğu gibi Türkiye Selçuklularında da devlet hanedan mensuplarının ortak malı kabul edilirken, bu hâkimiyet telakkisi II. Kılıçarslan’dan sonra gerçek vasfını kaybetmiştir. Türkiye Selçuklularında bilinen ilk gümüş sikke 571’de (1175), ilk altın sikke de 573’te (1177) II. Kılıçarslan zamanında basılmıştır. Sikkelerde “Ebü’l-feth” ve “es-sultânü’l-muazzam”, mektup ve kitabelerde “Türk, Ermeni ve Süryanilerin” yahut “Rum, Ermeni, Frank ve Şam memleketlerinin büyük sultanı” unvanını kullanırdı.
II. Kılıçarslan döneminde Konya muhteşem bir şehir hâline geldi. Babası Mesut tarafından inşasına başlanan ve Alâeddin Keykubat’a nispet edilen cami tamamlanmış, Selçuklu sarayı da II. Kılıçarslan tarafından yaptırılmıştır. O dönemde Konya’da faal olan Alâeddin Tepesi’ndeki “Sultâniyye Medresesi” ile “Altunaba Medresesi” II. Kılıçarslan zamanında yapılmıştır. Aksaray’daki Muzafferiyye Medresesi de muhtemelen onun dönemine aittir. Bu dönemde Konya’yı ziyaret eden Herevî, saraylar, köşkler ve bahçeler içinde bir Konya görmüştür. Aksaray’a bir konak mesafede II. Kılıçarslan Kervansarayı adıyla bilinen ilk ribatı da o inşa ettirmiştir. O dönemde Konya’da Tebrizli tüccarlar en faal tüccar unsurlardı. Şerefeddin Ebü’l-Fazl et-Tiflisî “Kâmilü’l-ta’bîr” adlı Farsça eserini ona ithaf etmiştir. II. Kılıçarslan’ın en büyük eseri -belki de- 566’da (1170-71) yeniden inşa ettirip, “Dârüzzafer” adını verdiği ve askeri bir üs olarak kullandığı Aksaray şehridir. II. Kılıçarslan bu şehri camiler, zaviyeler, medreseler ve bir kervansarayla süslemiştir. Ayrıca Azerbaycan’dan getirdiği gazi ve âlimleri buraya yerleştirmiş, gaza ruhunun bozulmaması için kötü ahlaklı insanların şehre girmesini yasaklamıştır. Tarımı geliştirmek için çalışmış, bu amaçla Hristiyan çiftçileri ülkeye yerleştirmiştir. Bu dönem ve sonrasında Aksaray’da benzeri olmayan halılar dokunup ihraç edilmiştir.
Bu gelişmeler onun zamanında Anadolu’da mahallî bir İslami kültür ve geleneğin de kurulmaya başladığını gösterir.
