II. Gıyaseddin Keyhüsrev’in Konyalı bir Hristiyan’ın kızı olan cariyesinden 635 (1237) veya 638 (1240) yılında dünyaya gelen ortanca oğludur. Babası II. Gıyaseddin Keyhüsrev’in ölümü üzerine en küçük kardeşi II. Alâeddin Keykubat’ın veliahtlığına rağmen, Vezir Şemseddin İsfahani ve ileri gelen beyler tarafından geleneğe uygun olarak ağabeyi II. İzzeddin Keykavus, kardeşleri de yanındaki kürsüde olduğu hâlde Selçuklu tahtına çıkarıldı.
Türkiye Selçukluları, II. Gıyaseddin Keyhüsrev döneminde Moğollara tabi olduğundan Moğolların yeni kağanlık seçimi ve Güyük Han’ın tahta çıkış merasiminde hazır bulunması için Selçuklu sultanı sıfatıyla Moğolistan’da toplanan kurultaya II. İzzeddin Keykavus davet edildi. Ancak o kurultaya katılmayarak yerine kardeşi Rükneddin’i beraberinde hediyelerle birlikte 643 (1246) başlarında Moğolistan’a gönderdi. Bir heyetle Karakurum’a giden Kılıçarslan, yaklaşık iki yıl sonra Güyük Han’ın kendisi için verdiği ağabeyinin azline dair bir saltanat yarlığı ile iki bin kişilik bir Moğol askerî birliğinin refakatinde Anadolu’ya dönerek önce Erzincan’a, ardından Sivas’a geçerek burada sultanlığını ilan etti (646/1249). Rükneddin Kılıçarslan’ın sultanlığı, Erzincan ve Sivas dışında Kayseri, Malatya, Harput ve Diyarbakır’da da tanındı. IV. Rükneddin Kılıçarslan bu bölgelerde Sahip Şemseddin İsfehani’nin adamlarını azledip yerlerine kendi adamlarını atayarak, Cemaleddin Hoteni ve İmameddin Hoteni’yi, sultanlığın kendisine devri hususundaki talebini iletmek üzere Sultan II. İzzeddin Keykavus’a yolladı.
Keykavus’un veziri Celaleddin Karatay, IV. Kılıçarslan’ın elçisi Cemaleddin Hoteni’ye Konya kadılığı görevi yanında Rum memleketleri kadılığını ve vakıflarının nezaretini vererek gönlünü aldı ve devletin başına büyük kardeş yerine küçük kardeşin geçmesi durumunun sakıncalarını anlattı. Ardından her üç kardeşin de taht üzerinde hakkının olduğu söyleyerek saltanatın her üçü arasında paylaştırılması konusunda ikna etti. Üç kardeşin birlikte tahta oturması, hutbenin üçü adına okunması ve sikkenin üçü adına kesilmesi fikri IV. Rükneddin Kılıçarslan tarafından da kabul gördü. Bunun üzerine kendisiyle beraber Anadolu’ya gelen Moğol askerlerine çeşitli hediyeler vererek, geri gönderdi. Ancak Kılıçarslan Konya’dan ayrılıp Aksaray yakınlarına geldiğinde Seyfeddin Torumtay, Seyfeddin Türkeri gibi emirlerin telkinleriyle ortak sultanlık fikrinden vazgeçerek abisine karşı savaşmayı göze alıp Aksaray’da ordu kurdu. Celaleddin Karatay’ın gönderdiği elçiler üçlü saltanat noktasında sulh için uğraşsalar da Kılıçarslan’ın kumandanları bir anlaşmaya varılmasına engel oldular ve II. İzzeddin Keykavus’un ordusuna karşı hücuma geçerek Sultan Hanı yakınlarında yenilgiye uğradılar. IV. Kılıçarslan adamlarıyla sığındığı bir tepede yakalanarak 1 Rebiyülevvel 647’de (14 Haziran 1249) ağabeyinin yanına getirildi. Kardeşini iyi karşılayan Keykavus onunla birlikte Konya’ya döndü. Kılıçarslan, ağabeyi Keykavus ve kardeşi Keykubat’ın Konya’da birlikte tahta oturmalarıyla Türkiye Selçukluları tarihinde ortak saltanat dönemi başladı (1249-1254)
Beş yıl kadar sükûnetle geçen bu dönem Celaleddin Karatay’ın ölümünden sonra iki tarafa mensup emirlerin ihtiras ve tahrikleri neticesinde Kılıçarslan’ın Konya’dan kaçarak 652 (1254) yılında Kayseri’de saltanatını tekrar ilan etmesiyle son buldu. II. Keykavus’un yeni bir karışıklığın çıkmasını önlemek için Kayseri’ye elçiler göndermesi iki kardeşin tekrar savaş meydanında karşı karşıya gelmesini engelleyemedi. Kılıçarslan’ın komutanları hazırlıklarını yaparak Sultan Hanı’na kadar geldiler. Bu olaylar üzerine İzzeddin Keykavus, Sadreddin Konevi ile Şeyh Hümameddin’i Kılıçarslan’a göndererek Amid, Malatya, Harput, Sivas ile yetinmesini ve mücadeleyi bırakmasını istedi. Kılıçarslan da Kayseri kadısı Celaleddin Habip’i Keykavus’a yollayıp Kayseri ve Kırşehir’i istedi. Aralarında bir anlaşma sağlanılamaması üzerine iki ordunun Kayseri yöresindeki Ahmet Hisarı yakınlarındaki karşılaşması yine Keykavus’un zaferiyle sonuçlandı ve Kılıçarslan yakalanarak önce Amasya daha sonra da Uluborlu Kalesi’nde hapsedildi (653/1255).
İzzeddin Keykavus’un, Hülagu’nun gelişiyle beraber bulunduğu bölgeyi terk ederek Anadolu’da yaylak ve kışlak yeri arayan Baycu Noyan’ın isteklerini yerine getirmemesi üzerine onunla karşı karşıya geldiği Sultan Hanı Savaşı’nda (23 Ramazan 654/14 Ekim 1256) Moğol kumandanı Baycu’ya yenilerek Konya’yı terk etmesiyle IV. Kılıçarslan hapisten çıkarılarak tek başına Selçuklu tahtına geçirildi. Fakat Baycu’nun Anadolu’dan ayrılması üzerine II. İzzeddin Keykavus tekrar Konya tahtını ele geçirerek Kılıçarslan ve müttefiki Moğollara karşı mücadeleye devam etti. Uç bölgeler ve Konya halkı, özellikle de Türkmenler Moğollarla mücadele ettiği için Keykavus’u destekliyorlardı. Kılıçarslan, Konya’dan ayrıldıktan sonra önce Kayseri’ye, abisinin kumandanı Ali Bahadır’ı göndermesi üzerine Muinüddin Süleyman Pervane ile birlikte Tokat’a, oradan da İran’a Hülagu’nun yanına gitti. Hülagu’dan Selçuklu sultanlığına dair yarlık alarak Anadolu’ya dönen Kılıçarslan, Moğol noyanlarının yardımına rağmen İzzeddin’e karşı başarılı olamayarak Anadolu’daki Moğol komutanlarının desteğiyle hükümdarlığını Malatya ve diğer bazı vilayetlerde kabul ettirmeye çalıştı. 656/1258 yılında büyük Moğol hanı Mengü’nün buyruğu doğrultusunda Selçuklu ülkesinin, Kızılırmak’ın doğusundaki yerleri Kılıçarslan’a bırakılarak Tebriz de Hülagu’nun katında iki kardeş arasında bölündü. II. İzzeddin Keykavus Moğollarla yapılan anlaşmalara ve Anadolu’nun paylaşımına mecburen razı olmak durumunda kaldı. Kılıçarslan’ın vezirliğine getirilen, zeki ve ihtiraslı bir kişi olan Muinüddin Pervane’nin, İzzeddin’i tasfiye edip devleti Kılıçarslan’ın adına tek başına yönetme hırsı ve çabasıyla yaptığı faaliyetler ile Keykavus’un Moğol karşıtı tutum ve uygulamaları Alıncak Noyan’ın çok sayıda Moğol askeriyle Anadolu’ya girmesine sebep oldu. II. İzzeddin Keykavus, Alıncak Noyan’ın, yanında Kılıçarslan ve Muinüddin Pervane olduğu hâlde Aksaray’a yaklaştığını öğrenince önce Antalya, daha sonra da yakınlarıyla birlikte gemiyle İstanbul’a gidip Bizans İmparatoru Mihail Palaiologos’a sığındı (660/1262). Böylece IV. Rükneddin Kılıçarslan Moğolların desteğiyle Selçuklu ülkesinin tek hâkimi oldu.
II. İzzeddin Keykavus’un Anadolu’yu terk etmesinden sonra orta ve batı Anadolu halkı ve özellikle Türkmenler, Moğollarla işbirliği yaptığı için IV. Kılıçarslan’a itaat etmediler isyanlar çıkardılar. Keykavus taraftarı olan Türkmen beylerinin ileri gelenlerinden biri de Denizli bölgesi Türkmenlerinin lideri Mehmet Bey’dir. Moğol güdümündeki Selçuklu idaresine ve Hülagu Han’a karşı çıkıp itaat etmeyen Mehmet Bey Moğolların gönderdiği bir ordu tarafından yenilerek IV. Kılıçarslan’ın emriyle öldürüldü. IV. Rükneddin Kılıçarslan’ın Moğollar tarafından tahta çıkarılmasının ardından II. İzzeddin Keykavus’un İstanbul’a götürmediği adamlarından Ali Bahadır ve Emir-i ahur Uğurlu, asker toplayarak Konya’yı kuşatmaya teşebbüs ettiler. Kısa zamanda Anadolu’nun her tarafında Moğollar ve Moğol yanlısı iktidara karşı isyanlar baş gösterdi. Ali Bahadır İsyanı’nın hemen ardından Danişmendiye vilayetinde Hurmaoğlu; Salime Kalesi’nde, II. İzzeddin Keykavus’un adamlarından Emir-i Ahur Esed; Gedağze Kalesi’nde ve Yıldız Dağı eteklerinde Pervane Muineddin’i yenilgiye uğratmış ve ölümle yüz yüze getirmiş olan Şah Melik; Ermenek ve Karaman bölgesinde, Zeynülhac ve Bonsuz Sultan İzzeddin’in haklarını korumak bahanesiyle ayaklandılar. Konya taraflarına kadar etkili olan bu isyanlar ancak Moğol kuvvetlerinin yardımıyla bastırılabildi. Diğer taraftan da II. İzzeddin Keykavus taraftarı olup -Aksarayi’nin belirttiği gibi- Türkmenleri isyana teşvik eden din ve devlet adamlarından Müstevfi Sadr Necibeddin, Müşrif-i Mülk Sadr Kıvameddin Erzincani, Kadıasker Sivrihisarlı Celaleddin, Seyfeddin Has Kayıaba, Kerimeddin Alişir, Emir-i Silah Ahi Bedreddin Gühertaş ve Üstadüddar Emineddin Yakut gibi ulema ve ümera, Pervane Muineddin tarafından tutuklatılıp Moğol komutanı Alıncak Noyan’a öldürtüldü (İbn Bibi, II/164; Aksarayî, 54).
IV. Rükneddin Kılıçarslan dönemindeki önemli faaliyetlerden ve onun ölümü sürecini de başlatan olay ise Sinop’un tekrar fethedilmesidir. Keykavus ve Kılıçarslan arasındaki taht mücadeleleri ve akabinde ortaya çıkan isyanlardan faydalanan Trabzon Rum İmparatorluğu, Frenklerin de yardımıyla Karadeniz’in en önemli limanı hâline gelen Sinop’u ele geçirmişti (657/1259). Selçuklu topraklarında sükûneti kısmen de olsa sağlayan Kılıçarslan ve Muinüddin Pervane, 663 (1265) yılında Tebriz’e gidip yeni han Abaka’dan Sinop’u geri almak için izin istediler. Kılıçarslan’ın katılmayıp Konya’da kaldığı bu seferde Pervane, Selçuklu ordusunun başında iki yıl süren bir kuşatmadan sonra Sinop’u tekrar Selçuklu topraklarına kattı (664/1266). Moğollar tarafından iktidara getirilerek büyük güç elde eden ve Sinop’u da fethederek bu gücünü daha da artıran Muinüddin Pervane, Kılıçarslan’dan şehrin mülk olarak kendisine verilmesini istedi. Kılıçarslan, teamüllere aykırı olduğu hâlde, onun Anadolu’da ve Moğollar nezdinde giderek artan nüfuzundan çekinerek, Pervane’nin istediği temliknameyi kendisine gönderdi. Pervane, bu gücün de kendisine verdiği mağrurlukla daha fazlasını hedefledi ve ülkenin tek hâkimi olabilmek için önünde tek engel olarak gördüğü Kılıçarslan’ı ortadan kaldırmak için çeşitli entrikalar çevirmeye başladı. Bu amaçla Moğollara Kılıçarslan’ın Memluk sultanıyla bir ittifak kurmaya çalıştığını, her yerden asker toplayarak kendilerine saldıracağını, bunu önlemeye çalıştığı için de kendisini öldürmek istediğiyle ilgili birçok haber ve mektuplar göndererek, hatta bizzat Abaka Han ile görüşerek, onları buna inandırdı ve öldürülmesi konusunda izin aldı. Sultan’ın Aksaray’da öldürülmesiyle ilgili bir tertip hazırlanıp, Abaka’nın emriyle bir görüşme yapılacağı konusunda kandırılarak toplantıya getirilen yirmi sekiz yaşındaki IV. Kılıçarslan önce zehirlendi, sonra da eski Türk geleneğinde hanedan üyelerinin kanının akıtılmaması akidesine göre yay kirişi ile boğduruldu. Süleyman Pervane, cesedi Konya’daki sultanlar türbesine defnedilen IV. Kılıçarslan’ın yerine küçük yaştaki oğlu III. Gıyaseddin Keyhüsrev’i tahta çıkararak Türkiye Selçuklularını, İlhanlılar tarafından öldürülünceye kadar, istediği gibi yönetmeye başladı (664/1266).
İbn Bibi’nin cömertlikte ve yiğitlikle dünyanın bir tanesi, övülen ahlak sahibi, hızlı ata binme ve mızrak kullanmadaki hünerleri gibi birçok vasıfla övdüğü (İbn Bibi, el-Evamir, 1996, II/163-164) IV. Kılıçarslan’ın, eğlenceye düşkünlüğü ve dirayetsiz yönetimi sebebiyle idareye Muinüddin Pervane hâkim olmuştu. O, Türkmenlerin Moğollarla mücadelesini örgütleyip bu güçten istifade etmek yerine, Pervane’nin de telkinleriyle, Moğolların Anadolu’ya tamamen yerleşip burayı tahakküm altına alarak birçok Türkmen halkın öldürülmesine önayak oldu. Kılıçarslan zamanında Selçuklu Devleti, Moğollara hizmet eden ve İlhanlıya her yıl vergi ödeyerek Moğol hazinesine gelir getiren en önemli vasal hâline geldi. İlhanlıların her hizmetine koşturan bir sultan hâline gelen Selçuklu Sultanı IV. Rükneddin Kılıçarslan, Abaka Han’ın oğlu Şehzade Argun ile kızı Selçuk (Hüdavend) Hatun’u evlendirerek İlhanlılarla akrabalık bağı da kurdu. Anadolu’daki Moğol işgal kuvvetlerinin masraflarının karşılanmasında ve İlhanlılara yıllık vergilerin ödenmesinde güçlük çekildiğinden sipahilerin çoğunun dirlikleri ellerinden alınarak iltizama verilerek ülkedeki nizam da bozuldu. Âlimler ve şeyhlerle de münasebetlerinin iyi olduğu kaydedilen IV. Rükneddin Kılıçarslan’ın, önceleri Mevlâna’ya mürit olup, onu kendine baba edinmişken sonradan Baba Merendi adlı bir Türkmen şeyhi kendisine baba edinmesine Mevlâna’nın üzüldüğünü Eflaki nakletmektedir.
