Alâeddin Tepesi’nin doğu tarafında, Mihmandar Mahallesi’nde, Devlet Hatun Mescidi bitişiğindedir. Cami, medrese ve imaretten oluşan bu Selçuklu külliyesinden günümüze, sadece mescidin minaresi gelebilmiştir.
İlk defa 1229 yılında Selçuklu hanedanından Ahmedü’l-Arus kızı Devlet Hatun (Raziye Hatun) tarafından yaptırılan Hatuniye Medresesi, vakıfları bakımından zengin bir eserdir. Medrese, zamanla tahrip olduğu için, 1878’de Ticaret Mahkemesi Reisi Hacı Mehmet Efendi tarafından yeniden yaptırılmıştır. Birçok talebe hücresi, bir dershanesi, ortada kalan avlunun üç yanını kaplamaktadır. Camii, avlunun güney tarafında eseri tamamlamaktadır. Son imarında medrese, mimari ve yapı malzemesi itibariyle, eski Konya evleri tipinde yapılmıştır. Kerpiç duvarlı, toprak dam örtülü hücrelerden oluşmaktadır. Bu hücreler, medreselerin kapatılmasından sonra 1930’lu yıllarda tamamen yıkılarak, arsa hâline getirilmiştir. Tekrar inşa edilen cami işlevini sürdürdüğü için, medrese odalarının bazıları yerine, avlu kıyısında helâ, malzeme odası gibi yerler yapılmıştır.
Medreseyi, kendi malından sarf ederek dirilten Mehmet Efendi, adına “Hatuniye” demiş, vakfiyesini, 2 Mayıs 1878’de tescil ettirmiştir. Yalnız, Hacı Mehmet Efendi tarafından bağışlanan bir gelir kaynağı yoktur. Bu eksik, “Yemenici esnafından” (ayakkabıcı) İmamoğlu Hacı Abdullah Usta’nın, yirmi adet Mecidî yüzlük altınını vakfetmesiyle giderilir. Medreseye yapılan bu para (nukûdî) vakfının onayı, 23 Mayıs 1914 tarihindedir.
Medresenin bilinen müderrisleri; Nakşî Hulusi Efendi (ö. 1907) ve otuz altı yıl mütevelli ve müderris olarak devam ettiği için en çok bilineni Hacı İsazade Hacı Süleyman Efendi (Kel Hoca = Kemterî, 1839-1914)’dir. Süleyman Efendi’den sonra mütevelli olarak 1913’te oğlu Hasan Efendi atanmıştır.
Hatuniye Medresesi’nde 1882-83 yılında otuz iki talebe, Hacı Süleyman Efendi’den, ders olarak Dürrü’n-Nâcî, İzhâr ve Halebî okumuşlardır. 1901-1903’te medresenin otuz talebesi vardır. 1914’te ise, medresede otuz yedi talebe bulunmaktadır. Birinci Dünya Harbi yıllarından itibaren medresenin âtıl kaldığı tahmin edilmektedir.
