Ahmet Fakih Mahallesi’nde, Nakiboğlu Camii bitişiğinde idi. Konya Müftüsü Nakip el-Hac İbrahim Efendi (ö. 1769) tarafından yaptırılan medrese, vakfiyesinden hareketle, 1763 yılına tarihlenmektedir. Medrese, zamanında vakıf eser olarak Konya’nın en zengin eğitim kurumu durumundadır.
Başlangıçta medrese bina olarak, on beş talebe hücresi, cami, şadırvan, avlu ve helâdan oluşmaktadır. Bunlardan günümüze, sadece halka da açık olan cami ile minaresi gelebilmiştir. Halka açık camisinde, medrese talebeleri halkla birlikte teravih namazları kılmışlardır. Ayrıca medresenin bir de türbesi vardır. Yalnız İbrahim Efendi’nin türbesi, günümüze kadar gelmese de mezar taşı, caminin kıyısında bulunmaktadır.
Medresenin işleyişi, gelir kaynakları ve onların kullanım şekli, görevlilerinin ücretleri gibi ayrıntılar, 1763 tarihli vakfiyesinde, ortaya konmuştur. Vakfiyeye göre; iki ahır, bir samanhane, iki küçük ambar, iki deve örtmesi, su kuyusu ve su dağıtım yeri, bir miktar avlusu olan bir hariciye dairesi vardır. Hariciye selamlık dairesinde altı zemin kat oda, iki dehliz, helâ, bir büyük yazlık, iki kenef, derin ambar ve örtme bulunmaktadır.
Müstakil konak, İbrahim Efendi’nin haremi durumundadır. Harem, iki büyük dairedir. Birinci dairenin zemininde beş oda, iki dehliz, üç sofa, bir büyük yazlık; girişinde bir büyük havuz, avlu, kenef, üç oda, bir kasr, iki dehliz, etrafında ağaçlı yedi sıra bağ, dört dönüm bostan yeri, bir çimenlik ve gül bahçesi vardır. İkinci daire de iki bölümdür. Birincisinde altı zemin oda, hamam ve bir serin hamam odası, külhan, helâ, kiler, kasr girişinde küçük havuz, ağaçlı bir bahçe, avlu, üst katta iki oda, iki dehliz bulunmaktadır. Diğer dairenin alt katında iki oda, çok sıcak günlerde barınılan ve “serdâb” denilen yeraltı odası, üst katta iki oda, bir dehliz, avlu, helâ vardır. Ayrıca mutfak kısmında; iki büyük örtme, birbiri içinde iki kiler, bir büyük mutfak ve içinde iki aşçı odası, avlu, önünde arsa bulunmaktadır.
Dairelerin ayrıntısının verildiği konak dışında, Konya Çarşısı’nda, şalvarcı, berber, yağhane, kıl dokuma, kahveci, tütüncü, kürkçü, kebapçı, saraç, kasap, hallaç dükkânları ile birlikte toplam 52 dükkân, üç ayrı han vakfedilmiştir. Hanların yerine göre özellikleri farklıdır. Mescidi, iki avlusu, bir şadırvan, iki örtme, bir büyük ahır, kenefi de bulunan 105 odalı bir han; ayrıca altı dükkânlı bir han; At Pazarı’nda 60 odalı, ahır, kenef, su kuyusu ve avludan oluşan hanın yarı hissesi; Pürçekli Mahallesi’nde ahır, samanhane, avlu ve odaları ile Cebecioğlu Hanı adlı küçük han, Ahmet Efendi Hamamı yakınında bir cambaz ahırı; Şerafeddin Camii karşısında zemini İbrahim Bey Vakfı’na ait, ama binası kendi mülkü olan dükkânlar; medrese yakınında yaptırdığı mektep ve avlusu; debbağhane, Ahmet Dede, Sütçü, Polatlar adlı mahallelerde yaptırdığı dört çeşme vakıfları arasındadır.
İbrahim Efendi, vakıf eserlerin dökümünü verdikten sonra, onların nasıl işletileceğini, vakıf şartlarını belirtir. Buna göre, medresenin on beş hücresinde kalıp, ilim tahsiline devam eden on beş talebeye, günlük iki akçe verilecektir. Talebelerden istenen, sabah namazını kıldıktan sonra bir Fatiha okuyup, Peygamberimize üç salât getirerek, sevabını vâkıfın ruhuna bağışlamaktır. Müderrise, günlük on akçe; medrese camiinin imamına, imamet ve vaizlik hizmeti için günlük toplam dokuz akçe verilecektir.
Cami hatibine dört, cuma günü “Devirhân” olan Kur’an hafızına iki, hoş sesli müezzine, günlük dört akçe verilecektir.
Daimi temizlikçi ve kayyuma dört; medrese ve türbe içini temizleyip, kapıcılık ve temizlik işini yapan bir talebeye, günlük iki akçe verilecektir.
Medrese camii, ibadet yanında eğitim verilen yeridir. Öğle ve ikindi namazlarında imamlık yaparak, ikindiden sonra cemaatten isteyenlere, Birgivî Risalesi’ni okutup, dinî meseleleri öğreten, bilge kimseye günlük altı akçe; müezzine, günlük iki akçe verilecektir.
Mektepte küçük çocukları eğitecek, edip, akıllı, olgun, Kur’an’ı doğru okuyan, açık-anlaşılır konuşan bir muallime, günlük üç akçe verilecektir.
Mütevelliye, görevi karşılığı olarak, günlük on akçe verilecektir. Ayrıca medrese şadırvanı, konakların havuz ve fıskiyeleri ile hamam, dört müstakil çeşme için ihtiyaç oranında harcama yapılacak; köle ve cariyelere harcanandan arta kalan gelir, evladı arasında taksim edilecektir. Evladı son bulduğunda gelir, azat olmuş köle ve cariyelere, onların da sona ermesi hâlinde, medrese müderrisi, cami imam, hatibi olanlara aynı ölçüde taksim edilecek, geri kalan yarısı medresede kalan talebelere eşit seviyede bölüştürülecektir.
Vâkıf hayatta oldukça, mütevelli-müderris-imamet ve meşihat görevlerini kendisi yapacaktır. Bir evladiyet vakfı olarak öldüğünde, oğlu Seyyit Mehmet Efendi bu görevleri üstlenecek; o öldüğünde, önce erkek evladının oğulları, yoksa kız evladının oğulları, onlar da tükenmişse azatlılarının oğullarına, onlar da tükenmişse azatlıların kız evlatlarının oğulları, görev alacaktır. Eğer onlar da son bulmuşsa; Konya ulemasının, salih fakirlerinden, hak eden üç kimseye aynı seviyede görev verilecektir.
Nakiboğlu Medresesinde 1848 yılında, 20’si talebe 17’si çömez olmak üzere toplam 37 öğrenci okumuştur. 1882-83’te, 55 öğrenci Meânî-i Muhtasar, Dürrü’n-Nâcî, Kâfiye ve Velediyye derslerini okumuştur. 1901 ve 1903’teki talebe mevcudu 65’tir.
Medresenin ilk müderrisi, Konya Müftüsü Hacı İbrahim Efendi’dir. Sonra bilinen müderrisleri; Abdülahat Mehmet Efendi (ö. 1848), İçilli Mehmet Sadık Efendi (1809-1871), Ömer Kâşif Efendi (1830-1880) ve Ömer Sadık Efendi (1847-1930)’dir.
İçilli Mehmet Sadık Efendi, Şeyh Ahmet Efendi, Kalender Efendi, Hacı Mehmet Efendi, Müftü Kafalızade Mehmet Sait Efendi, Müftü Karahafızzade Hacı Mustafa Efendi, Sarı Hafız Süleyman Vehbi Efendi (ö. 1874), Hattat ve Şeriye Mahkemesi Başkâtibi Mehmet Fahri Efendi (1861-1924), Müderris Yörük Hacı Şükrü Efendi (1861-1923), hafız, müderris ve Kapı Camii İmamı Hacı Haydar Efendi (1863-1949) bu medresede tahsil görmüş önemli şahsiyetlerden bazılarıdır.
Nakiboğlu Medresesinin, talebe hücreleri ve dershanesi, medreselerin kapatılmasından sonra, minare ve mihrabın dışındaki kısmı yıktırılarak, yeri park hâline getirilmiştir. Cami ise, 1926’da yeniden yapılmıştır. İlkokul kısmı olan Nakiboğlu Mektebi, Cumhuriyet Devrine kadar devam etmiştir.
