Bozkır kazasının Karacahisar köyünde doğdu. Tam künyesi, “es-Seyyid Abdullah b. Mehmed b. Ali el-Bozkırî es-Seydişehrî en-Nakşibendî el-Hâlidî”dir. Babası, Yeğen Mehmet Efendi olarak tanınan hadis âlimi ve müderris Mehmet b. Ali el-Karacahisari, annesi ise Bozkır’ın Karacaardıç köyünden Sarı Fakih kızı Zeynep Hanım’dır. Annesi, doğumundan kısa bir süre sonra vefat edince, babası yine aynı köyden İsmail Ağa’nın kızı ile ikinci evliliğini yapmış, bu evlilikten de Mehmet (Ahmet; 1227/1812) adında bir oğlu daha dünyaya gelmiştir. Müderris Yeğen Mehmet Efendi, ikinci çocuğunun doğduğu 1812 yılında vefat edince boş kalan Karacahisar Yeğen Mehmet Efendi Medresesine kendi talebesi Hocaköylü Memiş (Muhammed Kutsi) Efendi (1784-1852) müderris olmuştur.
Abdullah Efendi, beş yaşında hem anne hem de baba şefkatinden mahrum kalınca üvey annesi küçük Abdullah’a sahip çıkarak, onu önce köyün sıbyan mektebine gönderdi, ardından da Memiş Efendi’nin müderrislik yaptığı Karacahisar Medresesine yerleştirdi. Takriben 1819 yılında hocası Müderris Memiş Efendi’nin nezaretinde medresede yatılı olarak ilim tahsiline başlayan Abdullah Efendi, hocasından dinî ilimlerin yanı sıra Arapça ve Farsça da öğrendi. Medrese tahsili sırasında, hocası Memiş Efendi’nin, önce Nakşibendi tarikatı Halidi kolu şeyhi Ödemişli Hasan Kutsi Efendi (ö. 1254/1838)’nin halifesi, ardından da şeyh olması sebebiyle Nakşibendi tarikatına intisap etti. Memiş Efendi’den hem akli hem de nakli ilimleri tahsil ettikten sonra 1249/1833 yılında müderrislik icazetinin yanı sıra hadis ilmi icazeti de aldı.
İcazet aldığı yıl hocası Memiş Efendi, medrese mezunu olan genç talebesi Abdullah Efendi’yi, Seydişehir’de medresesi bulunan medrese arkadaşı, merhum Şeyh Nuri Efendi’nin iki çocuklu dul eşi Arife Hanım ile evlendirerek onu Şeyh Nuri Efendi Medresesine müderris olarak gönderdi. Zahiri ve batini ilimlere vakıf olan Abdullah Efendi, aynı zamanda hocası Nakşibendi tarikatı Halidi kolu şeyhi Memiş Efendi tarafından Seydişehir halifesi olarak görevlendirildi.
Şeyh Nuri Efendi Medresesi, kısa bir süre sonra Hacı Abdullah Efendi Medresesi olarak anılmaya başlayıp, Seydişehir ve çevresinin önemli bir ilim merkezi hâline geldi. Müderris Hacı Abdullah Efendi, mezun ettiği bazı öğrencilerini, arkadaşları ve müritlerinin bulunduğu İstanbul-Halıcılar, Manisa-Kırkağaç, Eskişehir ve İzmir-Nif (Kemalpaşa) gibi çeşitli şehirlere göndererek oralardaki müderrislerden de icazet almalarını sağlamıştır.
Hacı Abdullah Efendi, hocası ve şeyhi Memiş Efendi’yi Hocaköy’de sık sık ziyaret edip, tarikatın icaplarını yerine getirdi ve tasavvufî ilimlerde derinleşti. Memiş Efendi’nin 1852 yılında Seydişehir’in Çavuş köyünde vefatından sonra Hacı Abdullah Efendi, Nakşibendi tarikatı Halidi kolu şeyhi oldu. Şeyh Hacı Abdullah Efendi; Nakşibendi, Kadiri, Suhreverdi, Kubrevi, Çeşti ve Mevlevi tarikatlarının şeyhliğini yaparak, halifelerine bu tarikatların usulüne göre teveccüh, zikir telkinine ve talebe yetiştirmelerine izin verdi. 1852 yılından itibaren çevresinde şeyh olarak kabul edilmesine rağmen şeyhlik mührünü 1283/1866 yılında kullanmaya başladı.
1833-1903 yılları arasında Seydişehir’de yetmiş sene müderrislik ve 1852-1903 yılları arası elli bir sene şeyhlik yapan Hacı Abdullah Efendi, ulema ve mutasavvıflar arasında “Seydişehirli Hacı Abdullah Efendi”, “Seydişehirli Şeyh”, “Şeyh Efendi”, “Koca Şeyh”, “Köse Abdullah” gibi ad ve lakaplarla anıldı. II. Abdülhamit Han (1842-1918), Konya valisi Avlonyalı Ferit Paşa (1851-1914) gibi devlet adamları, Şeyh Şamil (1797-1871), Sivrihisarlı Şeyh Osman Afif Efendi (1818-1881) gibi kanaat önderleriyle görüşen Hacı Abdullah Efendi, birçok kadı, naip, müftü, müderris, âlim ve şeyh yetiştirdi.
Şeyhliği döneminde medresedeki fıkıh, feraiz, tefsir, tasavvurat ve tasdikat gibi derslerden başka tedrisatı oğullarına bırakıp, kendisini dünya uğraşılarından tamamen çekti.
Şeyh Efendi’nin talebe, mürit ve müntesiplerin artışı, şeyhin vefatına kadar devam etti. Onun şöhreti Osmanlı Devleti ve İslam coğrafyasına yayıldı. Döneminde Seydişehir, “Medine-i Sâni” olarak anılmaya başladı. Ziyaretçilerden birçoğu, Şeyh Hacı Abdullah Efendi’nin ilmi ve feyzinden etkilenip kendisine intisap etmiş, bazıları ise Şeyh Efendi’ye daha yakın olabilmek için Seydişehir’e yerleşmiştir.
Osmanlı Döneminin son devir ulemasından Seydişehirli Müderris Şeyh Hacı Abdullah Efendi, evinde iki üç gün rahatsız yattıktan sonra R 12 Mart 1319/H 25 Zilhicce 1320 (25 Mart 1903) Çarşamba günü Seydişehir’de vefat etti.
Müritlerinden Çankırı-Yapraklılı Hacı Mustafa (Okutkan) Efendi (1870-1949), Hacı Abdullah Efendi’yi yıkayıp kefenlemiş; binlerce müridi ve sevenlerinin katılımıyla perşembe günü Seyyit Harun Camii’nde kılınan cenaze namazından sonra vasiyeti üzerine o zaman Hızır Mescidi adı verilen şimdiki türbenin bulunduğu yerdeki kabre defnedilmiştir.
Hacı Abdullah Efendi’nin vefatından sonra Padişah II. Abdülhamit Han’ın emriyle kabrinin üzerine bir türbe yapılmış, Sadrazam Damat Ferit Paşa (1851-1914) da sanduka üzerine yeşil atlas sırma işlemeli bir örtü göndermiştir. Türbe, 1955 yılında temelinden itibaren yeniden yapılmış, yapım sırasında türbe kapısının dışında olan türbedar Uşaklı Hekim Hacı Ali Efendi (ö. 1325/1909)’nin kabri de türbenin içine alınmıştır. Türbeye girildiğinde sağ tarafta erkeklere mahsus kabirlerden baştan birinci mezar, Şeyh Hacı Abdullah Efendi’ye aittir.
Hacı Abdullah Efendi, ilk ve tek evliliğini Hacı Arife Hanım ile yapmış ve bu evlilikten Mehmet Hocagân, Ahmet, Şakir, Şerife ve Hatice adlarında beş çocuğu dünyaya gelmiştir.
