Konya’da doğdu. Asıl adı Mustafa, mahlası Halilî; babasının adı Yusuf, dedesinin adı da Hayreddin’dir. Büyük dedesi de zamanının ünlü hattatlarındandır. Tahsilini Konya’da tamamladı. Halveti tarikatına mensup olan Şeyh Halilî, tasavvuf konusunda Ahmet Efendi adında bir zattan istifade etti. Konya’da Halveti Şeyhliğinde bulundu.
Pek çok yer gezen, gezdiği yerlerde gördüklerini ve hatıralarını Ravzatü’l-îmân adlı eserinde manzum olarak anlatan Şeyh Halilî, Konya’da yetişen şairlerin büyüklerinden kabul edilir. Aynı zamanda da büyük dedesi gibi iyi bir hattattır.
998 Muharreminde (Kasım/Aralık 1589) vefat eden Şeyh Halilî, Musalla Mezarlığı’ndaki türbesinde metfundur. Türbesi vefatından sonra, 1006/1597 yılında, yapılmıştır. Kadı Siraceddin Urmevi’nin, sağlığında Hz. Mevlâna’ya olan muhalefetinden dolayı türbesi, Urmevi’ninkiyle karıştırıldığından, yanlışlıkla yıllarca Mevleviler tarafından taşlanmıştır.
