XV. yüzyılın ikinci yarısında yaşadı. Tirmiz’de yetişti. Osmanlı ülkesine ne zaman geldiği bilinmemektedir. Ayni, Divanı’nın iki yerinde adını Seyyid Aynî El-Hüseyni, bir fahriyesinde de Hüseyin ve Hüseynî olarak bildirir. Babasının adı Hüseyin’dir.
Aynî, Osmanlı ülkesine İstanbul’un fethinden sonra, bir ihtimale göre, Fatih Sultan Mehmet’in, Türk-İslam ülkelerindeki bilginleri, şairleri ve sanatkârları İstanbul’a çağırdığı yıllarda geldi. Mevlâna’ya duyduğu sevgiyle ilk önce Karaman’a uğradı. Karaman valisi Şehzade Mustafa’dan beklediği ilgiyi göremeyince Kastamonu’da bulunan Şehzade Cem’in (863/1459-900/1495) yanına gitti. Kastamonulu İsmail Ağa’nın himaye ve tavsiyesiyle üç yıl Cem Sultan’ın yanında kaldı (876/1471-879/1474).
İsmail Hikmet Ertaylan’a göre Cem Sultan’ın hocası olan Aynî, Hacı Bayram Veli’nin müritlerinden olan Şeyh Müştak’ın mürididir. Bir murabbaına göre de ölümüne çok üzüldüğü Salim adlı bir oğlu vardır.
Cem Sultan, Şehzade Mustafa’nın ölümü üzerine Konya-Karaman Valiliğine gönderilince Aynî de onunla beraber Konya’ya geldi (879/1474). Sultan Cem’in Rodos şövalyelerine sığınmasından sonra, Aynî Karaman’da kalarak Konya Mevlevi Dergâhı’na sığındı. Cem Sultan’a olan bağlılığını ve hayranlık derecesindeki sevgisini, onun Konya’dan ayrılışından sonra da yazdığı şiirlerinde dile getirdi. Aynî’nin Cem Sultan’ın ölümüne dair bir şiiri bulunmamaktadır. 1490 tarihli şiiri bulunduğuna göre Aynî’nin ölüm tarihi; bu tarihten sonra, Cem Sultan’ın ölüm tarihi olan1494 tarihinden öncedir.
Aynî, tek nüsha olan Divanı’nı (muhtemelen kendi hattıyla) Mevlevi Dergâhı çelebilerine bir sır gibi teslim etmiştir. Onlar da bu sırrı ifşa etmeyerek kütüphane kayıtlarına bile geçirmemişlerdir.
Aynî ve Divanı hakkındaki bilgileri, asırlar sonra, 1948 yılında, Konyalı bilgin merhum Prof. Dr. Feridun Nafiz Uzluk tarafından görülen ve merhum Dr. Mehmet Önder vasıtasıyla ilim âlemine tanıtılan Mevlâna İhtisas Kitaplığı’ndaki Aynî Divanı’ndan öğrenmekteyiz.
Aynî Divanı’nda Arapça, Farsça, Türkçe ü tevhit, bir naat, methiyeler, 511 gazel, sekiz murabba, iki terkib-i bent, iki terci-i bent, iki müfret, bir tarih kıtası bulunmaktadır. Ayrıca üç dilde yazdığı muammaları topladığı “Muamma Risalesi”, Arapçanın söz dizimini yaptığı “Avâmil Kasidesi”, “Mantık Kasidesi”, “Cifr-name”, on iki imama bağlılığını ortaya koyduğu “Nazmü’l-eflak ve’s-suver” isimli eserleri vardır.
Aruzu ustalıkla kullanan Aynî’nin kullandığı dil, Anadolu’da XV. yüzyılda kullanılan Türkçeden biraz farklıdır. XIV. yüzyıl şairlerinden Seyit Nesimî’nin kullandığı dili andırır. O da Nesimî gibi Türkçeden Arapçaya, Farsçaya rahatlıkla geçebilmektedir. Mülemma şiirleri hayli fazladır.
Kendini Şafii olarak belirten Aynî, şiirlerinde on iki imama, Âl-i Aba’ya büyük bir saygı göze çarpmaktadır. Kasidelerde tarihler verir. Dolayısıyla böyle şiirleri tarihî vesika niteliğindedir.
Gazellerde duygularını dile getirirken samimidir. Zaman zaman beyitler arasında atasözlerine yer verir.
Aynî’nin dinî bilgileri de sağlamdır. Medrese kültürüne vakıf olan şair, Kur’an-ı Kerim’den ayetleri, Hz. Peygamber’den hadisleri, yeri geldikçe asılları ve mealleriyle şiirleri arasına serpiştirir.
Konya, Karaman güzellerini gazellerinde söz konusu yapan Aynî, divan edebiyatının belli başlı bütün nazım şekillerini denemiştir. Kaside, terkib-i bent, terci-i bent, murabba ve gazellerinde, döneminin başarılı şairlerindendir.