Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü ilk olarak Cumhuriyet’in ilanından hemen sonra Mustafa Kemal Atatürk’ün emri ile Türk dünyasında ortak bir dil ve kültür oluşturabilmek için Ord. Prof. Dr. M. Fuad Köprülü tarafından Bakanlar Kurulunun 1111 numaralı kararı ile 12 Kasım 1924’te (12 Teşrinisani 1340) İstanbul Üniversitesi bünyesinde kurulmuştur. Selçuk Üniversitesinde ise 1989 yılında Sovyetler Birliği’nin dağılmasının hemen ardından 24 Ocak 1991 tarih ve 20765 sayılı Resmî Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 3699 Sayılı Kanun’la kurulmuştur. Kuruluş amacı Türkiye Cumhuriyeti sınırları içinde ve dışında bulunan Türk soylu toplulukların siyasi, sosyal, demografik, politik, ekonomik ve kültürel durumlarını araştırmak, bu sahalarda çalışacak uzman elemanlar yetiştirmek, bu alanda sempozyum, konferans ve seminerler düzenlemek, Türk kültürü, tarihi, dil ve edebiyatı ve sanatı üzerine lisansüstü eğitim-öğretim vermek, yüksek lisans ve doktora yaptırmak, araştırmacı kadrosunu geliştirmek ve öğretim elemanı yetiştirmektir. Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı Enstitü’nün kuruluş amacına uygun olarak 23.10.1991 tarih ve 18152 sayılı yazısıyla Enstitü bünyesinde Türk Dili ve Edebiyatı, Türk Tarihi ve Türk Sanatı ana bilim dallarının açılmasına izin vererek bu alanlarda yüksek lisans ve doktora seviyesinde eğitim-öğretime başlanmasına izin verdi.
Enstitü, 1995 yılına kadar lisansüstü eğitim-öğretim faaliyetlerin başarı ile sürdürmüş; ancak bu yılda Yükseköğretim Kurulu kararı ile Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü lisansüstü alanındaki eğitim-öğretim faaliyetlerini Sosyal Bilimler Enstitüsü’ne devretmiştir. Türkiyat Araştırmaları Enstitüsü bu tarihten sonra faaliyetlerini araştırma enstitüsü olarak sürdürmüştür. Amacı doğrultusunda çok sayıda kongre ve sempozyuma ev sahipliği yapan Enstitü, kurulduğu tarihten itibaren yılda iki defa olmak üzere bilimsel bir dergi de yayımlamaktadır. Enstitü’nün kurucu müdürü Prof. Dr. Hüseyin Ayan’dır. Hüseyin Ayan’dan sonra bu görevi sırası ile Prof. Dr. Yusuf Küçükdağ (vekâleten; görev sırasında yrd. doç. dr.), Prof. Dr. Mehmet Aydın, Prof. Dr. Ahmet Sevgi ve Prof. Dr. Yakup Karasoy yürütmüştür. Hâlen müdürlük görevini Prof. Dr. Hasan Bahar yürütmektedir.
