Türkiye Selçukluları’nda son sultan olup, II. İzzeddin Keykavus’un torunudur. II. Keykavus Bizans’ta tutuklu iken Altın Ordu hükümdarı Berke Han askeri bir operasyonla Keykavus’u tutuklu bulunduğu kaleden alarak ülkesine yani Kırım’a götürdü (Zehebi, 1999, 13-14; Ayni, İkdü’l-cüman, 1987, I/387-388). Bu sırada Keykavus’un iki oğlu Feramürz ile Guyumers Bizans İmparatoru Vasilyus’un elinde tutsak kalmıştı (İbn Bibi, el-Evamir, 1956, 635-640). III. Alâeddin Keykubat, Feramürz’ün oğludur. Bizans’ta geçen hayatı hakkında hiçbir bilgi yoktur. II. Keykavus Kırım’da Kıpçak İli’nde sürgünde iken yanında bulunan iki oğlu Siyavuş ile II. Mesut ayrı ayrı zamanlarda Anadolu’ya geçerek taht mücadelesine giriştikleri gibi Bizans’ın elinde bulunan iki oğlu da fırsat bularak Anadolu’ya geçmişler ve taht mücadelesine katılmışlar ve fakat başarılı olamamışlardır. Ancak II. Mesut’un, Gazan Mahmut Han’a baş kaldıran Anadolu’daki Moğol komutanı Tançi ile oğlu Baltu’ya uyması sebebiyle azledildi ve İsfahan’a gönderilerek hapse atıldı. Onun yerine Moğol yöneticilerin isteği ile Bizans’tan talep edilip Anadolu’ya getirilen III. Keykubat, Gazan Mahmut Han’ın isyanları bastırmak üzere Anadolu’ya gönderdiği Kutluğşah tarafından Gazan Mahmut Han’a götürülmüş Gazan Mahmut Han, III. Keykubat’a yarlık vererek Anadolu’ya sultan olarak tayin etti (Reşidü’d-din, Tarih-i Gazanî, 1368, 121). Sahib Şemseddin-i Ahmet Lakuşî’yi de ona vezir tayin ettiğini Aksarayî bildirmektedir (Aksarayî, Müsameretü’l-ahbar, 1944, 236).
Anonim Selçuk-name, III. Alâeddin Keykubat’ın Konya’ya geliş tarihini 2 Muharrem 698 (10 Ekim 1298) Cuma günü, Selçuklu tahtına oturduğu tarihi de 5 Muharrem 698 (13 Ekim 1298) Pazartesi günü olarak bildirmektedir (Anonim Selçukname, 1377, 132). III. Keykubat’ın Sultan olarak tayin edilmesinde birçok devlet adamının etkili olduğu anlaşılmaktadır (Turan, 1958, 2-3). Mevlevi çevreler, bu tayinde Mevlevilerin çok değer atfettikleri ve kendisi de bir Mevlevi olan Atabeg Mecdüddin’in önemli rolü bulunduğunu, kendisinin de bu yeni sultana atabeg olduğunu, bunun yanında Sultan Veled ile Ulu Arif Çelebi’nin bundan büyük mutluluk duydukları nakledilmiştir (Eflâkî, 1980, II/849).
Tançi ve oğlu Baltu’nun isyanlarının bastırılış tarihi 696 (1297) yılı aylarıdır. Bu isyanın bastırılışında önemli hizmeti bulunan Sülemiş (Baycu’nun torunu) bu hizmetinden ötürü önemli bir mevkie atanmayı beklerken kendisine umduğu bir görev verilmeyince Anadolu’da yeni bir isyan başlattı (Aksarayî, Müsameretü’l-ahbar, 1944, 239242). Onun bu isyanına Karaman Oğulları ve bazı Türkmen gruplar da katıldı. Bu isyandan dolayı III. Alâeddin Keykubat ve veziri Ahmet Lakuşi bir müddet Sivas’ta mahsur kaldılar Gazan Mahmut Han bu isyanı bastırmak için Emir Çoban ile Emir Sutay’ı görevlendirdi. Bu ordu Sülemiş ve beraberindekileri Erzincan Ovası’nda muhasara altına aldı. Savaş alanında Sülemiş’in emrindeki Moğol askerleri karşı tarafa geçtiler, Türkmen askerler de savaşmayı göze almadılar; kaçışıp dağlara çekildiler. Yanındakilerle birlikte çember içinde kalan Sülemiş bir fırsat bulup canını kurtardı. Önce Suriye’ye gidip Memluklulara sığındı. Bu olay 698 (1299) yılının Şaban ayında gerçekleşti. Bilahare tekrar Anadolu’ya döndü. Tekrar mağlup oldu. Bu defa Kilikya’nın Ermeni kralı Haytum’a sığındı (Kalkaşandî, Subhu’l-a’şa, 1915, V/362; el-Markizî, es-Süluk, 1934, I/260).
Gazan Mahmut Han Suriye seferine çıkınca III. Alâeddin onunla buluşmak, hizmetinde bulunmak üzere yanına gitti. Bu görüşme esnasında Gazan Han ona çok iyi davrandı. Yeniden bir yarlık tanzim ederek onu bütün Diyar-i Rum’un sultanı olarak tanıdı. İlhanlı hanedan üyesi Hulagu Han’ın torunu ile evlendirdi (Aksarayî, Müsameretü’l-ahbar, 278-279). Bu vesile ile Anadolu’da yüksek devlet hizmetlerine de atamalar yapıldı. Bu cümleden olarak Mücirüddin Emir Şah Naibü’s-saltana, Alâeddin Savî vezirlik, Kadı Mecdüddin-i Karahisarî atabeglik, Nasırüddin Muhammed istifa [maliye nazırlığı] makamlarına getirildiler.
III. Alâeddin’in çevresindeki devlet görevlilerinin ihtirası ve yolsuzlukları yüzünden Anadolu’da sulh ve sükûn sağlanamamaktaydı. Halkın malını yağma etmekteydiler. Can ve mal güvenliği kalmamıştı. III. Alâeddin de ümerası ile birlikte bu yolsuzlukların içinde bulunuyordu. Bu durumlar Moğolların Anadolu genel valisi Abışka’ya bildirildi. Abışka Alâeddin’i Sivas’ta tutukladı; durumu da Gazan Han’a bildirdi. Gazan Han yeniden yarlık gönderdi. Fakat sultanın, Abışka’nın emrinden çıkmamasını emretti. Abışka, sultanı Kayseri’de Yabanlu mevkiinde bir otağda yaşamaya mecbur etti. Ancak birlikte olduğu adamlarının yargılanıp cezalandırılmaları III. Alâeddin’in gönlüne korku saldı ve adamlarıyla birlikte Konya’ya kaçmaya teşebbüs etti. Fakat Ürgüp’te yakalandı. Bu defa Tebriz’e, Han’ın yanına gönderildi (Aksarayî, Müsameretü’l-ahbar, 291). Rivayete göre öldürülmesi emredilmişken Moğol hanedanından olan karısının şefaat dilemesi ile bütün masrafları karşılanmak üzere İsfahan’a gönderildi. İsfahan’da tutuklu bulunan amcası II. Mesut hapisten çıkarılarak ve kedisine yarlık verilerek sultan olarak Anadolu’ya gönderildi. Niğdeli Kadı Ahmet’e göre II. Mesut, 1 Şevval 702 (19 Mayıs 1303)’de Kayseri’de ikinci defa Selçuklu tahtına oturdu (en-Nigidi, el-Veledü’ş-şefik, 151a ).
III. Alâeddin, İsfahan’da gözaltında yaşamakta iken hizmetindeki bir görevliye ağır hakarette bulunmuş, bu adam da sultanı hançerleyerek öldürmüştür (Aksarayî, Müsameretü’l-ahbar, 291). Hamdullah-ı Kazvinî, sultanın sonu için: “III. Alâeddin, Gazan Han’ın yarlığı ile sultan oldu; fakat sonradan Gazan Han’a baş kaldırdı. Gazan Han üzerine ordu gönderdi ve yakalattı. Bununla Türkiye Selçukluları son buldu. Fakat hâlen Anadolu’nun deniz sahillerinde ve ücra yerlerinde hükümranlıklarını sürdürmekteler” der (Kazvini, Tarih-i Güzide, 1364, 480).
Sultan III. Alâeddin, birincisi 698 (1298), ikincisi 701 (1302) yılında olmak üzere iki defa Türkiye Selçukluları tahtına oturmuştur (en-Nigidi, el-Veledü’şşefik, 151a).
III. Alâeddin Keykubat’ın saltanatı zamanında Osman Gazi’ye beylik verdiği ve Türkçe yazılmış bir “Temlik-name” ile beylik alameti olarak ona kılıç, tabl (davul) ve sancak gönderdiği ileri sürülmüştür. Bu yöndeki iddialar doğru değildir. Çünkü III. Alâeddin’in kısa süren ve buhranlı geçen saltanatı döneminde uç bölgelerle ilgilendiği varit olmadığı gibi Moğol ümerasının takip ve kontrolü altında buna imkân da bulamazdı.
III. Alâeddin’in bastırdığı paralardan numuneler günümüze gelmiştir (Ahmed Tevhid, Meskûkât, 349).